Общую стоимость с учетом всех требований к цене предложения (п.12.2) необходимо указать на ЭТП. 

Организатор получит Ваш файл сформированный инструментарием ЭТП с указанием 
цены предложения по поданным Вами лоту(-ам).

Дублировать данные сведения в спецификации нецелесообразно.